杨天淳与辛若兰看戏回来之时发现有父母在苦寻自己失踪的子女。杨天淳迅速找到京城衙门询问情况。原来京城突然发生儿童失踪案，因为失踪的八个孩子都是富商子女，京城衙门最初以为是常见的绑架案，一直月余也不见绑匪前来索要赎金。杨天淳结合各种线索发现绑匪竟然是最近京城声名鹤起的“乱波幻术团”，“乱波幻术团”发请帖请各位富商带孩子来看表演，竟然在台上众目睽睽之下把孩子们都变没了。粘杆处曾找到京城各个变戏法、魔术吃饭的手艺人询问，这个幻术团表演手法均不是寻常的戏法、彩戏或魔术。当线索陷入困局之时，蒋子娇突然来到百草堂告诉杨天淳一个噩耗！龙山寺被灭门了！
蒋子娇对杨天淳及若兰述说了当然她所见所闻，她与山上小和尚衍空和尚下山化缘逃过了灭门惨案，化缘回来之后曾经见过行凶者的身形，竟然是扶桑来的忍者！蒋子娇当时用遁形术逃过了忍者追杀，而小和尚衍空为了掩护蒋子娇牺牲了。听完蒋子娇的述说杨天淳随即动身快马加鞭赶往龙山寺，杨天淳一行人来到了被灭门的龙山寺，综合所有线索确定了忍者来次灭门的目的——为了龙山寺的武功秘籍，令人没想到的事，忍者突然袭击杨天淳一行人，并使用了幻术对付杨天淳，一番激斗之下，忍者众不敌杨天淳。杨天淳通过与忍者交手并结合在京城搜集到的证据，确认了京城绑架案亦是忍者所为。
这些忍者都是被德川幕府剿灭的伊贺流忍者的遗孀，为了向德川幕府复仇证明忍者们的价值，来到中国寻根问祖的，而当年传下忍术的即是龙山寺东渡日本的被伊贺忍者奉为祖师的暗夜修罗，她们通过祖先及忍者头目雾隠才蔵告诉她们的传说，希望通过传说抓取童男童女来炼成传说中的式神，现在她们就差杨天淳的血液。
杨天淳一行人为了引蛇出洞，回到了京城，纳兰索图告诉他们从日本派来了一位专门对抗忍者的武士——河上彦斋，杨天淳与河上彦斋碰面之后，河上彦斋仔细的告诉杨天淳关于日本忍者的武艺、修习、历史、所擅长的一切，并给杨天淳看了集忍术大成的秘籍《万川集海》，德川幕府曾惧怕忍者，而武士们不齿忍者下三滥、不荣誉的所为，德川幕府下令剿灭伊贺忍者集团，而河上彦斋就是杀死这些女忍者丈夫的人。
弄清一切之后，杨天淳、河上彦斋等人迎战追踪而来的忍者众，在一片混战之中，铁猴子杨天淳准备变身对敌之时，河上彦斋竟然反身攻击铁猴子，把其制住逼入绝境，没想到河上彦斋就是末代伊贺流忍者雾隠才蔵！雾隠才蔵一只使用易容术化身河上彦斋，利用河上彦斋的身份弄清龙山寺传人是谁，现在他得到了杨天淳的血液，在日蚀之下开始式神的召唤。日蚀过去，传说中的式神终究没有出现，若兰赶来救下了铁猴子，在杨天淳和辛若兰的解密之下世间根本没有式神这种怪力乱神的东西，复兴伊贺的梦想破碎了的忍者们被铁猴子打败。铁猴子成功解救了众幼童。