《川西剿匪记》讲述了新中国诞生的暮鼓晨钟中，川西烟道要塞两河口的青年周致斌与江湖戏班女子丹凤一对苦命鸳鸯的爱恨情仇。
血性青年周致斌，与戏班台柱子丹凤在万年台上飞刀定情。却不想父亲周文轩也倾慕上了丹凤的豪气与侠义。国民政府派来的新任县长的一纸禁烟令，将两河口卷入了争夺烟道的血雨腥风。周致斌与镇长之子张济邦、两河孤儿黄登宝结为兄弟，誓死保卫两河口。三人为救丹凤，几次勇闯匪窝，却被烟道大土匪金刚钻活捉。阴差阳错间，黄登宝投奔金刚钻码头，成为了他手下的一名得力悍将。张济邦遭恶人陷害，被开明的县长马玉之暗地里送到了省城的军校去读书。而周致斌则为救丹凤，被金刚钻打成瘸子。丹凤为保周致斌不死，只得答应金刚钻嫁给周文轩做填房。一场浩大的婚宴后，一对昔日的恋人，成了二娘和继子……
周文轩在官匪勾结中被害丧命，使得周致斌和丹凤遭到世人的诬蔑和唾弃。丹凤谨记周文轩死前的遗愿，用“二娘”的身份撑起了整个周家。周致斌受不了昔日的周家在两河口落到今天的田地，只得自己离开了两河口，去省城投靠参加军校的张济邦。将父亲死的罪责归到自己身上的周致斌在金刚钻的引诱下，沾染上了烟土。因无钱支付烟馆的开销，被人毒打一顿送回两河口。得势的小人李耀武借机将周致斌五花大绑上万年台，让他当着全镇人的面，成为了“一条狗”。丹凤用周家的房契和全部家当换回了周致斌的一条命，自己却抱着周家祖宗的牌位住进了破旧的茅草屋。周致斌好不容易来到省城的军校，得到的却是济邦和县长的女儿马菊花因是共产党已被枪毙的消息……姜维淑将落魄成乞丐的周致斌救回到丹凤的茅草屋内，看着眼前的一切，周致斌终于醒悟了自己肩上对周家和二娘的责任。决心血债血偿的周致斌为了给父亲报仇而大开杀戒。丹凤不忍看周致斌被世道变成恶魔，用母爱的温情帮助他戒掉大烟，又让他娶下怀有济邦骨肉的姜家小姐姜维淑，想让他重回家的温暖。黄登宝因金刚钻杀死了自己的妻子徐二小姐而耿耿于怀。借周致斌与姜维淑大喜的婚宴，周致斌与黄登宝新仇旧账一起算，联手杀死了金刚钻。维淑因自己被蒙在骨里，而对未来的生活充满了担忧。周致斌终于坐上了两河口镇镇长的宝座，黄登宝也顺理成章的成为了烟道上最大的匪首……
共产党禁烟剿匪的消息传入两河口，黄登宝在幕后大鳄林四爷的举荐下离开两河口参加了黄埔军校。周致斌发现了儿子周维的身世之谜，因为丹凤和维淑隐瞒了自己而大发雷霆。丹凤明白周维和自己是横在周致斌与维淑之间的两道鸿沟，她决定悄悄抱走周维，让周致斌和维淑从此过上幸福的生活。在维淑的坚持下，丹凤最终一个人离开了周家。周致斌感怀“二娘”的一片苦心，只得认下周维，和维淑过上了平淡宁静的日子。张济邦在谷毅团长和马菊花的帮助下进步神速，当上了解放军的连长。当“已死”的济邦成为解放军连长，而登宝成为国民党反动派的特派员，两人带领各自的队伍重回两河口时，周致斌茫然失措。隐居山林多年的丹凤得到两河口不安定的消息，带着义子水牛重回周府。愚昧的周致斌担心张济邦的“起死回生”会夺走维淑和周维，共产党的“共产共妻”会让自己重新变得一无所有。所以周致斌拒绝和共产党合作，坚决不肯打开两河口让解放军进驻。黄登宝在林四爷的指示下利用周致斌对张济邦的担忧从中挑拨离间，使周致斌与张济邦渐行渐远。张济邦为了解开周致斌的心结，与暗恋自己多年已经产生革命情谊的马菊花结婚。
在得知自己寻找多年的亲人就是登宝的情况下，丹凤明辨是非，认准了只有解放军才能还世人一片晴天。在丹凤与济邦的支持和帮助下，周致斌最终完成了人性的转变，站到了正义的一方。向着黑暗越走越远无法自拔的黄登宝，不惜用丹凤和维淑的生命来要挟周致斌与张济邦。危难关头，丹凤拉响了身上的引线，炸开了解放军通往两河口的道路，用自己最宝贵的生命唱出了最后的挽歌。经历了人生起伏、人性跌宕、爱恨情仇的周致斌，最终选择和张济邦、姜维淑、周维等一起迎来了新中国的胜利。