二战期间，日军未敢染指澳门。秘密的日葡协定使澳门在太平洋战场上成为一块难得的“飞地”，同时沦为情报汇集之地，间谍鏖兵之所。本剧所营造的澳门正是谍战波诡云谲的“东方卡萨布兰卡”，以中共建立秘密运输通道为主线，层层展示国共日、葡、美等各方盘错交织的谍战网络，走进一个没有硝烟的战场，揭示一段尘封已久的“档案”。
抗战爆发后，曾领导过广州起义的中国著名将领方天庭将军从海外归来途经香港，准备回国参加抗日。澳门商会会长的公子、留学海外一腔热血报效祖国的江浩也一同前往。在日本眼里，中国只有一个军人，那就是方天庭。他们唯恐方天庭将军安全回到内地指挥中国军队与其对抗，于是派出日本“特高课“的杀手企图将方将军杀死在香港。危机中，江浩将方将军护送到了日本军队无法进驻的澳门，然后再经那里奔赴抗日前线。于是日本又派女间谍神尾悦子进驻澳门，企图将方天庭将军杀死在澳门，而国民党特工得到的指示是“如果不能说服方将军去重庆，那么就把他杀死在澳门，绝不能让共产党得到他！”于是一场斗智斗勇、惊心动魄的较量在澳门这块“飞地”展开了。几经周折，死里逃生，江浩与我澳门秘密情报人员终于安全地将方将军护送回国。
这时，我中共情报机构与国民党情报机关几乎同时掌握了一个重要情报，即日本政府与中立国葡萄牙政府签署了一个决定澳门命运的秘密协议，该协议代号为“菊花档案”。为利用澳门这块具有特殊意义的地区开展对敌斗争，无论是中共“特科”，还是国民党情报机关，都想得到“菊花档案”的副本。为此，中共又联手江浩，与江浩的恋人、潜伏于国民党特工组织的中共间谍林娜等人打入澳门上流社会，国民党情报机关也派出自己最优秀的谍报员石磊到澳门，而他们的对手还是日本间谍神尾悦子。几经生死，江浩等人又抢在石磊之前潜入澳督府拍下了“菊花档案”的胶片，并发现了一个惊天机密-----由于日本有10万侨民居住在南美的(葡属)巴西，日本政府担心自己的侨民受到葡萄牙政府的迫害，于是同葡萄牙政府签属了一个秘密协议----战争爆发后，日本即使占领了整个亚洲，也绝不派一兵一卒进驻(葡属)中国澳门，否则葡萄牙政府将把居住在巴西的10万日本侨民全部关进集中营。也就是说，澳门将成为战争时期亚洲唯一的一块不可能被日本帝国主义占领的净土。中共“特科”掌握了“菊花档案”的秘密后，便利用澳门这块具有特殊意义的地区开展了一系列爱国抗日活动：香港沦陷，日军大肆搜捕此前从上海转移到香港的数百名中国文化艺术界的名人与社会名流。大敌当前，江浩又不顾个人安危，只身前往香港担负起营救“香港800名人志士”的任务，这时离开了澳门的日本间谍，为报在澳门被江家势力所牵制之仇，开始在香港大开杀戒，要将江浩杀死在香港。江浩在中共党组织的鼎力协助下，从水路将其中的一部份文化名人几经周折、历经风险、化险为吏，最后安全送到了澳门，使包括众多名人志士免遭日军的屠杀。
此后，江浩又利用自己澳门商会会长儿子和澳督好朋友的特殊身份，一边与日本特工周旋，一边又将“澳门王”元深及澳门中华商会的爱国人士苏子玉等团结在自己身边，使风雨飘摇中的澳门度过一个又一个难关，这其中包括“关闸事件”、“澳门币危机”等等，为60年后的澳门回归祖国奠定了基础。可以肯定地说，如果没有当年江浩、林娜以及苏子玉、元深等人的努力，澳门的现代史将是另一个样子。